这个世界上至今仍残留着数千年前古代魔导王国的遗迹，可以从中发现他们曾经拥有惊人的技术并造就了足以制压此世界的恐怖力量。伊雷斯大陆的连邦王国地方领主基扎洛夫，在某个遗迹的石碑上发现了一首古诗。对昔日魔导王国遗留下的技术、魔导装置等深有研究的基扎洛夫，产生了追寻不死以及统一世界的野心，越发深入研究那魔导力量，并不惜采用人体实验。但是，基扎洛夫在看过那首古诗后，内心对古代魔导王国产生了深深的恐惧。为什么我们所居住的世界会有那么多战乱？为什么会有魔族存在？古代魔导王国是怎样灭亡的？这首古诗究竟想要告诉我们什么？基扎洛夫知道传说也有真实之处，例如圣剑兰古莉莎确实是存在的，那么难道这首古诗所描述的传说也是真实的吗？如果是那样，我们人类究竟是为什么而战斗？为什么而生存的呢？这个世界的真实，基扎洛夫是不能了解的也无法知晓了，那么做为“光辉之末裔”的你能够解开这个谜团、为千年来的圣剑战争打上圆满的句号吗？
　　红色的姐姐乃无慈悲的女王，持着威严俯视着我们；蓝色的妹妹乃无慈悲的战士，只冷冷地俯视着我们。空中的船乃死神之翼，将我们的灵魂运往地狱。向上仰望的我们是被虐者，充满着怒火藐视着天。红色的姐姐和蓝色的妹妹，二人并列在夜空中。席卷而过的战之炎，叹息、悲伤、愤怒、欢笑…我们紧握着拳，我们将矢飞射，无慈悲的姐妹漠视着，依然继续其生存之道。
　　我们的愤怒与此天空，所有的大地皆燃烧殆尽；我们的悲哀与此天空，所有的海洋皆万尺寒冰。终于无慈悲的女王，被驱逐此地巡游四方。然后无慈悲的妹妹，静静地沉睡等候姐姐。残留下憎恨的语言，向着被冻结的星之世界，永远旅行的女王，经过200年的岁月，再度飞舞在这片大地上。不幸的种子扎了根，狂气的剑被挥舞着，此世的一切皆被剥夺。

SCENARIO 1

　　主角从漫长的睡梦中醒来，看见一陌生的女性站在他面前，并称呼主角为西古马066（Σ066），而她自己则叫拉姆达052（Λ052）。从拉姆达口中得知，主角和她分别是基扎洛夫（ギザロフ）为研究强化战斗力及魔力而被开发出来的人造人（素体），在某种意义上也可称是兄妹。因为拉姆达被强化了魔力，所以知识比较丰富，但缺乏感情；主角西古马则相反，力量虽被强化，但知识方面就比较贫弱，性格方面似乎也有些问题。
　　正当两人考虑着接下来该干什么时，研究所内突然响起警报通知有入侵者出现。入侵者乃连邦罗休法尔地方（ロシュフォ－ル）领主雷因法路斯（レインフォルス）及其部下埃赞尔将军（アイゼル），他们的目的是夺取基扎洛夫研究的素体，也就是主角他们了。
　　由于刚觉醒的素体无法发挥出本来的实力，因此西古马建议从左上出口逃脱，中途觉醒的素体欧米加137（Ω137）引开了雷因法路斯，使主人公一行成功逃脱。而后拉姆达用魔力驱使研究所中央那棵树的树根从地下冒出来，拦住追兵的去路。